2016年12月1日，马士基与欧特克集团(Oetker Group)共同宣布前者收购后者旗下的集装箱班轮公司汉堡南美。2017年3月14日，双方正式签署收购协议。待相关监管机构审批通过后，汉堡南美将正式归属马士基。
据悉，马士基航运与汉堡南美之间的交易旨在寻求行业整合以应对目前运价过低、供给过剩的现状。相关文件已于2月20日提交至欧盟委员会。而据今年2月底路透社消息，欧盟反垄断监管机构将于3月27日宣布是否同意马士基航运收购德国汉堡南美相关事宜。其他外媒则表示，直到今年年底才能公布审批结果。值得注意的是，此次收购是马士基十余年以来的第一次重大交易。
此次收购中，如果马士基方面能够做出某些让步，那么欧盟执法机关可能延长大约两个星期的审查期限，否则将开展为期五个月的调查。因此马士基方面为获得欧盟反垄断机构批准，或不得不在其所属航运联盟中做出妥协。
马士基航运迫于4月1日班轮联盟新格局的形成以及收购汉堡南美一事至年底才能确定，早在2月7就日与汉堡南美签订购买东西贸易航线上的舱位协议，以解决燃眉之急。根据协议，汉堡南美在东西贸易主要航线上航次将会有所增加。其中，亚洲至北欧每周将增至5个航次；亚洲至西地中海每周增至2个航次；亚洲至美西美洲增至4个航次；亚洲至美东每周增至3个航次；跨大西洋航线每周也将增至2个航次。该协议监管机构经审批同意后，将于今年4月1日正式生效。
Alphaliner最新数据显示，目前马士基航运拥有631艘集装箱船，运力达328.83万TEU，市场份额为15.9%；汉堡南美拥有111艘集装箱船，运力达57.90万TEU，市场份额为2.8%。收购汉堡南美后，马士基的市场份额达18.7%，与第二大班轮公司地中海(市场占有率14.3%)之间进一步拉开差距。届时，马士基将加强全球贸易及拉丁美洲区域业务。