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随着产业转移的逐步推进，物流企业日益看重武汉等地的地理优势，纷纷到此落户，此举加剧了长江的运能过剩。
据交通部长江航务管理局的数据，2003年至2009年，长江水系内河运量增长超过60%，运力增长量则超过了100%。鉴于航道、港口条件改善，单船吨位增加、效率提高等因素，目前长江航运至少多出1200万吨运力。
湖北省物流与采购联合会有关人士向财新记者表示，随着中国经济增长方式主要靠外需渐向内需驱动转变，长江水运的作用将更加突显。武汉距离北京、上海、广州、成都等大城市都在1000公里左右，因此，大量的物流企业到此落户。
物流企业的进驻带来了产业的繁荣。2009年,武汉市社会物流总额达到了1.11万亿元,同比增长10.4%,高出全国物流总额增幅3个百分点。湖南亦然，2009年湖南岳阳港口航运占该市GDP比重超过5%，财政贡献过1.5亿元，还带动了5万多人就业，物流产业的贡献呈放大趋势。
不过，高增幅的背后,除带来严重的产能过剩、行业分散、小企业众多现象外，同时也加剧了恶性竞争。
2008年，长江水系各省市拥有的内河运输船舶达15万艘、5000万载重吨，干线省际航运企业2335家，省际运输船舶达到3400万载重吨，平均每家企业只有1.5万载重吨，船舶平均吨位333吨，其中干线船舶平均800吨。
中国长江航运集团总公司高层表示，目前长江前十名航运企业的运力总和还不到长江总运力的10%。部分私营业主追求短期经济利益，千方百计在船舶建造、船员配备、安全管理等方面违反规范要求，甚至出现船舶造价低于正常造价30%以上、配员少50%左右的情况。
据了解，很多航运公司轮机、驾驶技术船员等没有经过专业培训，而是通过各种手段从地方海事部门取得资格证书。接近交通部长江航运管理局的人士透露，最极端的例子是，曾有20岁左右的人取得了一等船长证书，“这意味着如果顺利地从驾驶类学校毕业、并按职务证书进阶申请的要求，他12岁就已经上船工作了。”
对此现状，前述湖北省物流与采购联合会人士表示，加速长江航运公司化经营步伐至关重要，希望政府能对长江600总吨以上船舶实行公司化管理引导，鼓励港航之间联合重组，降低成本。同时他也表示，做到此点也很困难。
目前长江沿线对外开放港口已达20多个，开放水域长达1000多公里，是世界上内河开放距离最长的港口群。随着大耗能、大耗水的冶金、石化、建材等产业陆续布局长江中上游，能源、原材料、集装箱、大件货物运输量将越来越大，长江航运的运输保障作用将更加显现。
交通部长江航务管理局预计，2010年长江干流货运量将达到13亿吨，其中外贸运输量将达到4.5亿吨，港口集装箱吞吐量将达到1600万标箱，总量较去年增长0.8亿吨。 [财新网]